新チーム最初の都道府県大会となる、高校野球秋季大会。
選抜高校野球大会出場への、重要な判断材料でもあります。
2021年度長崎県大会は、9月18日（土）に開幕し決勝戦は10月10日（日）におこなわれました。
組合せ・結果
1回戦
| 佐世保西 | 0 | 九州文化 | 6 | |
| 長崎明誠 | 10 | 小浜 | 5 | |
| 松浦 | 0 | 長崎北 | 5 | |
| 長崎東 | 10 | 諫早 | 2 | |
| 佐世保南 | 2 | 西海学園 | 0 | |
| 壱岐 | 3 | 鎮西学院 | 10 | |
| 創成館 | 8 | 長崎工 | 4 | |
| 瓊浦 | 1 | 五島 五島海陽 |
2 | |
| 大村 | 1 | 長崎商 | 8 | |
| 長崎南山 | 10 | 長崎南 | 0 | |
| 海星 | 5 | 鹿町工 | 6 | |
| 島原 | 2 | 佐世保工 | 1 | |
| 大崎 | 18 | 大村工 | 3 | |
| 島原農 | 2 | 壱岐商 | 1 | |
| 長総大附 | 3 | 波佐見 | 1 | |
| 対馬 | 1 | 長崎西 | 2 |
2回戦
| 西陵 | 8 | 上五島 | 1 | |
| 佐世保高専 | 4 | 長崎日大 | 13 | |
| 長崎明誠 | 6 | 九州文化 | 7 | |
| 長崎東 | 5 | 長崎北 | 8 | |
| 壱岐 | 1 | 鎮西学院 | 5 | |
| 創成館 | 9 | 長崎工 | 2 | |
| 川棚 | 2 | 口加 諫早商 島原翔南 国見 |
4 | |
| 佐世保実 | 12 | 諫早東 | 2 | |
| 佐世保北 | 8 | 清峰 | 8 | |
| 島原中央 | 7 | 島原工 | 1 | |
| 長崎南山 | 1 | 長崎商 | 11 | |
| 海星 | 5 | 鹿町工 | 3 | |
| 大崎 | 1 | 大村工 | 3 | |
| 長総大附 | 0 | 長崎西 | 15 | |
| 長崎北陽台 | 10 | 上対馬 佐世保商 平戸 猶興館 |
1 | |
| 長崎鶴洋 西彼杵 |
4 | 諫早農 | 11 |
3回戦
| 西陵 | 4 | 長崎日大 | 10 | |
| 長崎明誠 | 11 | 長崎北 | 0 | |
| 創成館 | 19 | 鎮西学院 | 13 | |
| 佐世保実 | 0 | 口加 諫早商 島原翔南 国見 |
1 | |
| 佐世保北 | 1 | 清峰 | 4 | |
| 海星 | 13 | 長崎商 | 6 | |
| 大崎 | 9 | 長崎西 | 2 | |
| 長崎北陽台 | 0 | 諫早農 | 3 |
準々決勝
| 長崎明誠 | 1 | 長崎日大 | 5 | |
| 創成館 | 8 | 鎮西学院 | 0 | |
| 海星 | 10 | 長崎商 | 1 | |
| 大崎 | 4 | 諫早農 | 2 |
準決勝
| 創成館 | 6 | 長崎日大 | 9 | |
| 海星 | 13 | 諫早農 | 5 |
3位決定戦
| 創成館 | 9 | 2 | 諫早農 |
決勝
| 海星 | 2 | 0 | 長崎日大 |
九州大会
明治神宮野球大会
他都道府県大会の日程・組合せ・結果
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