新チーム最初の都道府県大会となる、高校野球秋季大会。
選抜高校野球大会出場への、重要な判断材料でもあります。
2020年度長崎県大会は、9月19日（木）に開幕し、決勝戦は10月18日（日）におこなわれました。
組合せ・結果
1回戦2回戦3回戦準々決勝～
1回戦
| 清峰 | 13 | 口加 | 0 | |
| 五島海陽 | 3 | 佐世保北 | 16 | |
| 対馬 | 1 | 島原農 | 5 | |
| 諫早農 | 10 | 長崎北 | 4 | |
| 五島 | 12 | 長崎日大 | 13 | |
| 佐世保商 | 1 | 鎮西学院 | 2 | |
| 島原中央 | 2 | 小浜 | 2 | |
| 諫早 | 3 | 佐世保工 | 1 | |
| 九州文化学 | 3 | 佐世保南 | 13 | |
| 長崎東 | 1 | 長崎明誠 | 12 | |
| 瓊浦 | 6 | 大村 | 2 | |
| 長総大附 | 1 | 上五島 | 9 | |
| 西彼杵 鶴洋 |
2 | 島原工 | 1 | |
| 佐世保高専 | 9 | 海星 | 7 | |
| 諫早東 | 0 | 長崎南 | 0 | |
| 西海学園 | 10 | 佐世保実 | 2 | |
| 島原 | 10 | 長崎南山 | 5 | |
| 壱岐商 | 1 | 長崎工 | 3 |
2回戦
| 大村工 | 8 | 長崎商 | 5 | |
| 清峰 | 1 | 佐世保北 | 2 | |
| 諫早農 | 9 | 島原農 | 5 | |
| 波佐見 | 7 | 壱岐 | 16 | |
| 五島 | 3 | 西陵 | 2 | |
| 諫早 | 4 | 長崎日大 | 8 | |
| 九州文化学 | 0 | 小浜 | 6 | |
| 長崎西 | 3 | 鹿町工 | 5 | |
| 長崎北陽台 | 8 | 川棚 | 3 | |
| 瓊浦 | 14 | 佐世保南 | 2 | |
| 佐世保高専 | 11 | 上五島 | 1 | |
| 諫商 翔南 国見 |
10 | 海星 | 9 | |
| 平戸 猶興館 上対馬 佐西 |
0 | 松浦 | 0 | |
| 西海学園 | 8 | 佐世保実 | 6 | |
| 島原 | 2 | 長崎南山 | 2 | |
| 大崎 | 6 | 創成館 | 5 |
3回戦
| 大村工 | 7 | 長崎商 | 13 | |
| 諫早農 | 1 | 壱岐 | 5 | |
| 諫早 | 3 | 長崎日大 | 12 | |
| 長崎西 | 10 | 小浜 | 6 | |
| 瓊浦 | 17 | 川棚 | 3 | |
| 佐世保高専 | 0 | 海星 | 11 | |
| 西海学園 | 4 | 佐世保実 | 0 | |
| 大崎 | 12 | 創成館 | 6 |
準々決勝
| 大村工 | 3 | 長崎商 | 4 | |
| 長崎西 | 4 | 長崎日大 | 5 | |
| 瓊浦 | 2 | 海星 | 8 | |
| 大崎 | 9 | 創成館 | 4 |
準決勝
| 長崎西 | 0 | 長崎日大 | 8 | |
| 大崎 | 6 | 海星 | 5 |
3位決定戦
| 長崎西 | 0 | 7 | 海星 |
決勝
| 大崎 | 7 | 3 | 長崎日大 |
九州大会
明治神宮野球大会
2019大会の結果
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